Alle wichtigen Einrichtungen und die Hauptwandergebiete im Nationalpark erreichen Sie mit Waldbahn und Igelbussen.

Die Waldbahn verkehrt entlang der Nationalparkgrenze und verbindet Bayerisch Eisenstein, das Nationalparkzentrum Falkenstein (Haus zur Wildnis), Zwiesel, Frauenau, Spiegelau und Grafenau. Umsteigeknoten ist Zwiesel. Hier treffen stündlich die Züge von und nach Plattling, Bayerisch Eisenstein und Bodenmais ein. Jeweils zur ungeraden Stunde fährt die Waldbahn in Richtung Grafenau und zur geraden Stunde ab Grafenau zurück nach Zwiesel.

Die speziellen Busse für den Nationalpark heißen Igelbusse. Sie fahren meist in dichtem Zeittakt und bereits der Bus-Name gibt das Fahrtziel an. Umsteigemöglichkeiten von der Waldbahn zu den Igelbussen bestehen in Zwiesel, Spiegelau und Grafenau.

In Spiegelau haben Rachel- und Finsteraubus Anschluss zur Waldbahn. Das Nationalparkzentrum Lusen (Hans-Eisenmann-Haus) erreicht man mit Lusen- und Finsteraubus. Die Fahrten von Rachel- und Lusenbus sind aufeinander abgestimmt und ermöglichen das direkte Umsteigen in Graupsäge bzw. Diensthüttenstraße. Ab Bahnhof Zwiesel fährt der Falkensteinbus mehrmals täglich in verschiedenen Routen über Lindberg, zum Nationalparkzentrum Falkenstein mit Haus zur Wildnis und nach Zwieslerwaldhaus bzw. Buchenau zu den Wandergebieten am Falkenstein und den Schachten.

Weitere Linienbusse verdichten das Verkehrsangebot entlang der Waldbahn und innerhalb der Nationalparkgemeinden. So ermöglicht die Linie 6086 zusätzlich zum 2-Stunden-Takt der Waldbahn Fahrten zwischen Grafenau und Zwiesel. Mit den Linien 6197 sowie 7148 gibt es zusätzliche Anfahrtsmöglichkeiten zum Nationalparkzentrum Falkenstein mit Haus zur Wildnis.